El recurso más importante con que  cuenta la MCLCP para permitir su funcionamiento es el trabajo voluntario de sus coordinadores y muchas personas más que participan de manera regular en la misma como representantes de las instituciones que conforman la Mesa de Concertación, en sus distintos niveles (nacional, regional y local).

Adicionalmente, la Mesa de Concertación cuenta con aportes del sector público a través de los Recursos Ordinarios que se le asignan dentro del Presupuesto General de la República.  

Otros recursos provienen de las transferencias de partidas de los Pliegos Presupuestales de las entidades que la conforman, de proyectos que se gestionan directamente de la cooperación internacional y otro que se deriven de donaciones.